Є науковим керівником наукової школи «Математичне моделювання та системний аналіз процесів у складних системах технічного, організаційного і навчального характеру та розроблення інформаційних технологій моніторингу і систем контролю цих процесів та систем автоматичного і автоматизованого керування ними”.

Показники наукової та професійної активності відповідно до ліцензійних умов провадження освітньої діяльності (1, 3, 4, 6, 7, 8, 12, 14, 19). Протягом 2020-2023 рр. опубліковано 16 статей у наукових періодичних виданнях (з них 2 у базі даних Scopus), видано 3 монографії, підручник, 3 навчальні посібники та ін. Проходження підвищення кваліфікації: 180 год. 6 кред.

Борис Мокін є одноосібним автором або співавтором більше 70 винаходів та більше 600 наукових праць, опублікованих в наукових виданнях України,  Литви, Естонії, Польщі, Бельгії, Італії, Австрії, Хорватії, Фінляндії, США тощо, у т.ч. у Scopus та Web of Science Core Collection. Кількість цитувань у Google Scholar – більше 1500 (індекс Хірша дорівнює 15).

Починаючи з 1994 року, Борис Мокін тричі очно представляв Україну на Всесвітніх наукових конгресах ІМЕKО, виступаючи на них з науковими доповідями, що опубліковані у працях цих конгресів за місцем їх проведення (Турін, Італія, 1994; Тампере, Фінляндія, 1997; Відень, Австрія, 2000).

Членом Академії гірничих наук України по відділенню електрифікації та автоматизації Бориса Мокіна було обрано у 1992 році у Кривому Розі за наукові розробки в галузі створення математичних моделей і систем автоматичного управління об’єктами чорної металургії, що лягли в основу кандидатської та частково докторської дисертації.

Членом Академії інженерних наук України по відділенню енергетики Бориса Мокіна було обрано у 1992 році у Києві за наукові розробки в галузі створення методів синтезу ергатичних систем та систем автоматичного управління енергетичними об’єктами, що лягли в основу докторської дисертації.

Як член Академії педагогічних наук України, одним із 15 академіків-засновників якої він є з 1992 року, керує дослідженнями в галузі педагогіки вищої школи та інформаційних технологій дистанційного викладання інженерних дисциплін у вищих технічних навчальних закладах.

Є головним редактором періодичного журналу «Вісник Вінницького політехнічного інституту» (з його заснування у 1993 році) (індексується в наукометричній базі даних ЄС Index Copernicus і є фаховим виданням України категорії Б).

Входить до складу редколегій періодичних наукових видань «Наукові праці Вінницького національного технічного університету» та «Інформаційні технології і комп’ютерна інженерія». Обидва видання входять до переліку наукових фахових видань України категорії Б.

Виконує функції наукового керівника 2 науково-дослідних лабораторій – автоматизованих систем управління в енергетиці та транспорті (НДЛ АСУЕТ) та по проблемах вищої школи (НДЛ ПВШ).

Наукові напрямки роботи:

• Математичне моделювання та системний аналіз процесів у складних системах технічного, організаційного і навчального характеру та розроблення інформаційних технологій моніторингу і систем контролю цих процесів та систем автоматичного і автоматизованого керування ними;
• Оптимізація систем управління електроприводами транспортних засобів, що рухаються по маршрутах зі складним рельєфом;
• розробка теорії побудови повітряних акумулюючих електростанцій та аналіз і управління процесами в них.